Magdalena Schejbal od czwartej klasy szkoły podstawowej współpracowała przy programie Truskawkowe studio, gdzie występowała przez siedem lat. Przy serialu dla telewizji edukacyjnej Ja i moje życie współpracowała z Małgorzatą Potocką. Później zdecydowała się studiować socjologię, z której zrezygnowała na rzecz aktorstwa. Pracę w filmie rozpoczęła od roli Jagody w Głośniej od bomb Przemysława Wojcieszka. Otrzymała nagrodę prezydenta Gdyni za debiut aktorski w filmie. Rok później w filmie Superprodukcja zagrała jedną z głównych ról – dziennikarkę Marysię Melską, którą zdesperowany Yanek Drzazga prosi o pomoc w napisaniu scenariusza do tytułowej superprodukcji. W trakcie studiów w szkole teatralnej we Wrocławiu – do której zdała po tym, jak zrezygnowała z socjologii – gościnnie pojawiła się w serialu Kasia i Tomek i zagrała epizod w Fali zbrodni. Popularność przyniosła jej rola podkomisarz Basi Storosz w serialu Kryminalni. Zrezygnowała wówczas z dalszych studiów. Ostatecznie w 2005 została absolwentką wrocławskiej filii PWST. W teatrze zadebiutowała w 2003. Wystąpiła w adaptacji powieści Doroty Masłowskiej Wojna polsko-ruska pod flagą biało-czerwoną, którą wystawił Teatr Wybrzeże. Była także asystentką reżysera tego spektaklu. W 2006 wystąpiła w stołecznym Teatrze na Woli w sztuce Król Lear, w którym zagrała Kordelię, córkę Leara, granego przez Daniela Olbrychskiego. W 2008 została aktorką Teatru Ateneum im. Stefana Jaracza. W 2010 stacja Polsat rozpoczęła emisję serialu Szpilki na Giewoncie, w którym Magdalena Schejbal zagrała główną bohaterkę Ewę Drawską. Za tę rolę Schejbal otrzymała nominację do nagrody Telekamery 2011 w kategorii Aktorka, a także nagrodzona została w plebiscycie Róże Gali w kategorii Media. W 2010 otrzymała Nagrodę aktorską na Festiwalu Dwa Teatry w Sopocie za rolę w spektaklu W roli Boga. Od 7 lipca 2012 w radiowej Czwórce prowadzi autorską audycję Schejbalanga. Również w 2012 zasiadła w jury programu Kilerskie Karaoke, emitowanego w telewizji Eska TV.